Amber8 Module: ptraj 

 ASN  LEU  TYR  ILE  GLN  TRP  LEU  LYS  ASP  GLY 
 GLY  PRO  SER  SER  GLY  ARG  PRO  PRO  PRO  SER 
Successfully completed readParm.

PTRAJ: Processing input file...
       Input is from standard input

PTRAJ: trajin equil1.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil2.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil3.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil4.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil5.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil6.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil7.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil8.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil9.mdcrd.gz

PTRAJ: trajin equil10.mdcrd.gz

PTRAJ: reference lowest_energy_struct.pdb.2455

Processing PDB file lowest_energy_struct.pdb.2455

PTRAJ: rms reference out rmsd_to_lowest_energy_struct.dat @N,CA,C time 1.00 
Mask [@N,CA,C] represents 60 atoms
FYI: No output trajectory specified (trajout), none will be saved.

PTRAJ: Successfully read the input file.
       Coordinate processing will occur on 50000 frames.
       Summary of I/O and actions follows:

INPUT COORDINATE FILES
  File (equil1.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil2.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil3.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil4.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil5.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil6.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil7.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil8.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil9.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets
  File (equil10.mdcrd.gz) is an AMBER trajectory with 5000 sets

OUTPUT COORDINATE FILE
  NULL entry

REFERENCE FILE
  File (lowest_energy_struct.pdb.2455) is a PDB file

ACTIONS
  1>  RMS to reference structure (lowest_energy_struct.pdb.2455) using no mass weighting
      Dumping RMSd vs. time (with time interval 1.00) to a file named rmsd_to_lowest_energy_struct.dat
      Atom selection follows :1-20@N,CA,C


Processing AMBER trajectory file equil1.mdcrd.gz

Set      1 .................................................
Set     50 .................................................
Set    100 .................................................
Set    150 .................................................
Set    200 .................................................
Set    250 .................................................
Set    300 .................................................
Set    350 .................................................
Set    400 .................................................
Set    450 .................................................
Set    500 .................................................
Set    550 .................................................
Set    600 .................................................
Set    650 .................................................
Set    700 .................................................
Set    750 .................................................
Set    800 .................................................
Set    850 .................................................
Set    900 .................................................
Set    950 .................................................
Set   1000 .................................................
Set   1050 .................................................
Set   1100 .................................................
Set   1150 .................................................
Set   1200 .................................................
Set   1250 .................................................
Set   1300 .................................................
Set   1350 .................................................
Set   1400 .................................................
Set   1450 .................................................
Set   1500 .................................................
Set   1550 .................................................
Set   1600 .................................................
Set   1650 .................................................
Set   1700 .................................................
Set   1750 .................................................
Set   1800 .................................................
Set   1850 .................................................
Set   1900 .................................................
Set   1950 .................................................
Set   2000 .................................................
Set   2050 .................................................
Set   2100 .................................................
Set   2150 .................................................
Set   2200 .................................................
Set   2250 .................................................
Set   2300 .................................................
Set   2350 .................................................
Set   2400 .................................................
Set   2450 .................................................
Set   2500 .................................................
Set   2550 .................................................
Set   2600 .................................................
Set   2650 .................................................
Set   2700 .................................................
Set   2750 .................................................
Set   2800 .................................................
Set   2850 .................................................
Set   2900 .................................................
Set   2950 .................................................
Set   3000 .................................................
Set   3050 .................................................
Set   3100 .................................................
Set   3150 .................................................
Set   3200 .................................................
Set   3250 .................................................
Set   3300 .................................................
Set   3350 .................................................
Set   3400 .................................................
Set   3450 .................................................
Set   3500 .................................................
Set   3550 .................................................
Set   3600 .................................................
Set   3650 .................................................
Set   3700 .................................................
Set   3750 .................................................
Set   3800 .................................................
Set   3850 .................................................
Set   3900 .................................................
Set   3950 .................................................
Set   4000 .................................................
Set   4050 .................................................
Set   4100 .................................................
Set   4150 .................................................
Set   4200 .................................................
Set   4250 .................................................
Set   4300 .................................................
Set   4350 .................................................
Set   4400 .................................................
Set   4450 .................................................
Set   4500 .................................................
Set   4550 .................................................
Set   4600 .................................................
Set   4650 .................................................
Set   4700 .................................................
Set   4750 .................................................
Set   4800 .................................................
Set   4850 .................................................
Set   4900 .................................................
Set   4950 .................................................
Set   5000 
Processing AMBER trajectory file equil2.mdcrd.gz

Set      1 .................................................
Set     50 .................................................
Set    100 .................................................
Set    150 .................................................
Set    200 .................................................
Set    250 .................................................
Set    300 .................................................
Set    350 .................................................
Set    400 .................................................
Set    450 .................................................
Set    500 .................................................
Set    550 .................................................
Set    600 .................................................
Set    650 .................................................
Set    700 .................................................
Set    750 .................................................
Set    800 .................................................
Set    850 .................................................
Set    900 .................................................
Set    950 .................................................
Set   1000 .................................................
Set   1050 .................................................
Set   1100 .................................................
Set   1150 .................................................
Set   1200 .................................................
Set   1250 .................................................
Set   1300 .................................................
Set   1350 .................................................
Set   1400 .................................................
Set   1450 .................................................
Set   1500 .................................................
Set   1550 .................................................
Set   1600 .................................................
Set   1650 .................................................
Set   1700 .................................................
Set   1750 .................................................
Set   1800 .................................................
Set   1850 .................................................
Set   1900 .................................................
Set   1950 .................................................
Set   2000 .................................................
Set   2050 .................................................
Set   2100 .................................................
Set   2150 .................................................
Set   2200 .................................................
Set   2250 .................................................
Set   2300 .................................................
Set   2350 .................................................
Set   2400 .................................................
Set   2450 .................................................
Set   2500 .................................................
Set   2550 .................................................
Set   2600 .................................................
Set   2650 .................................................
Set   2700 .................................................
Set   2750 .................................................
Set   2800 .................................................
Set   2850 .................................................
Set   2900 .................................................
Set   2950 .................................................
Set   3000 .................................................
Set   3050 .................................................
Set   3100 .................................................
Set   3150 .................................................
Set   3200 .................................................
Set   3250 .................................................
Set   3300 .................................................
Set   3350 .................................................
Set   3400 .................................................
Set   3450 .................................................
Set   3500 .................................................
Set   3550 .................................................
Set   3600 .................................................
Set   3650 .................................................
Set   3700 .................................................
Set   3750 .................................................
Set   3800 .................................................
Set   3850 .................................................
Set   3900 .................................................
Set   3950 .................................................
Set   4000 .................................................
Set   4050 .................................................
Set   4100 .................................................
Set   4150 .................................................
Set   4200 .................................................
Set   4250 .................................................
Set   4300 .................................................
Set   4350 .................................................
Set   4400 .................................................
Set   4450 .................................................
Set   4500 .................................................
Set   4550 .................................................
Set   4600 .................................................
Set   4650 .................................................
Set   4700 .................................................
Set   4750 .................................................
Set   4800 .................................................
Set   4850 .................................................
Set   4900 .................................................
Set   4950 .................................................
Set   5000 
Processing AMBER trajectory file equil3.mdcrd.gz

Set      1 .................................................
Set     50 .................................................
Set    100 .................................................
Set    150 .................................................
Set    200 .................................................
Set    250 .................................................
Set    300 .................................................
Set    350 .................................................
Set    400 .................................................
Set    450 .................................................
Set    500 .................................................
Set    550 .................................................
Set    600 .................................................
Set    650 .................................................
Set    700 .................................................
Set    750 .................................................
Set    800 .................................................
Set    850 .................................................
Set    900 .................................................
Set    950 .................................................
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Set   1750 .................................................
Set   1800 .................................................
Set   1850 .................................................
Set   1900 .................................................
Set   1950 .................................................
Set   2000 .................................................
Set   2050 .................................................
Set   2100 .................................................
Set   2150 .................................................
Set   2200 .................................................
Set   2250 .................................................
Set   2300 .................................................
Set   2350 .................................................
Set   2400 .................................................
Set   2450 .................................................
Set   2500 .................................................
Set   2550 .................................................
Set   2600 .................................................
Set   2650 .................................................
Set   2700 .................................................
Set   2750 .................................................
Set   2800 .................................................
Set   2850 .................................................
Set   2900 .................................................
Set   2950 .................................................
Set   3000 .................................................
Set   3050 .................................................
Set   3100 .................................................
Set   3150 .................................................
Set   3200 .................................................
Set   3250 .................................................
Set   3300 .................................................
Set   3350 .................................................
Set   3400 .................................................
Set   3450 .................................................
Set   3500 .................................................
Set   3550 .................................................
Set   3600 .................................................
Set   3650 .................................................
Set   3700 .................................................
Set   3750 .................................................
Set   3800 .................................................
Set   3850 .................................................
Set   3900 .................................................
Set   3950 .................................................
Set   4000 .................................................
Set   4050 .................................................
Set   4100 .................................................
Set   4150 .................................................
Set   4200 .................................................
Set   4250 .................................................
Set   4300 .................................................
Set   4350 .................................................
Set   4400 .................................................
Set   4450 .................................................
Set   4500 .................................................
Set   4550 .................................................
Set   4600 .................................................
Set   4650 .................................................
Set   4700 .................................................
Set   4750 .................................................
Set   4800 .................................................
Set   4850 .................................................
Set   4900 .................................................
Set   4950 .................................................
Set   5000 
Processing AMBER trajectory file equil4.mdcrd.gz

Set      1 .................................................
Set     50 .................................................
Set    100 .................................................
Set    150 .................................................
Set    200 .................................................
Set    250 .................................................
Set    300 .................................................
Set    350 .................................................
Set    400 .................................................
Set    450 .................................................
Set    500 .................................................
Set    550 .................................................
Set    600 .................................................
Set    650 .................................................
Set    700 .................................................
Set    750 .................................................
Set    800 .................................................
Set    850 .................................................
Set    900 .................................................
Set    950 .................................................
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Set   2500 .................................................
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Set   2600 .................................................
Set   2650 .................................................
Set   2700 .................................................
Set   2750 .................................................
Set   2800 .................................................
Set   2850 .................................................
Set   2900 .................................................
Set   2950 .................................................
Set   3000 .................................................
Set   3050 .................................................
Set   3100 .................................................
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Set   3300 .................................................
Set   3350 .................................................
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Set   3450 .................................................
Set   3500 .................................................
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Set   3600 .................................................
Set   3650 .................................................
Set   3700 .................................................
Set   3750 .................................................
Set   3800 .................................................
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Set   3950 .................................................
Set   4000 .................................................
Set   4050 .................................................
Set   4100 .................................................
Set   4150 .................................................
Set   4200 .................................................
Set   4250 .................................................
Set   4300 .................................................
Set   4350 .................................................
Set   4400 .................................................
Set   4450 .................................................
Set   4500 .................................................
Set   4550 .................................................
Set   4600 .................................................
Set   4650 .................................................
Set   4700 .................................................
Set   4750 .................................................
Set   4800 .................................................
Set   4850 .................................................
Set   4900 .................................................
Set   4950 .................................................
Set   5000 
Processing AMBER trajectory file equil5.mdcrd.gz

Set      1 .................................................
Set     50 .................................................
Set    100 .................................................
Set    150 .................................................
Set    200 .................................................
Set    250 .................................................
Set    300 .................................................
Set    350 .................................................
Set    400 .................................................
Set    450 .................................................
Set    500 .................................................
Set    550 .................................................
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Set    650 .................................................
Set    700 .................................................
Set    750 .................................................
Set    800 .................................................
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Set    900 .................................................
Set    950 .................................................
Set   1000 .................................................
Set   1050 .................................................
Set   1100 .................................................
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Set   1550 .................................................
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Set   1650 .................................................
Set   1700 .................................................
Set   1750 .................................................
Set   1800 .................................................
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Set   1900 .................................................
Set   1950 .................................................
Set   2000 .................................................
Set   2050 .................................................
Set   2100 .................................................
Set   2150 .................................................
Set   2200 .................................................
Set   2250 .................................................
Set   2300 .................................................
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Set   2400 .................................................
Set   2450 .................................................
Set   2500 .................................................
Set   2550 .................................................
Set   2600 .................................................
Set   2650 .................................................
Set   2700 .................................................
Set   2750 .................................................
Set   2800 .................................................
Set   2850 .................................................
Set   2900 .................................................
Set   2950 .................................................
Set   3000 .................................................
Set   3050 .................................................
Set   3100 .................................................
Set   3150 .................................................
Set   3200 .................................................
Set   3250 .................................................
Set   3300 .................................................
Set   3350 .................................................
Set   3400 .................................................
Set   3450 .................................................
Set   3500 .................................................
Set   3550 .................................................
Set   3600 .................................................
Set   3650 .................................................
Set   3700 .................................................
Set   3750 .................................................
Set   3800 .................................................
Set   3850 .................................................
Set   3900 .................................................
Set   3950 .................................................
Set   4000 .................................................
Set   4050 .................................................
Set   4100 .................................................
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Set   5000 
Processing AMBER trajectory file equil8.mdcrd.gz

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Processing AMBER trajectory file equil9.mdcrd.gz

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Set      1 .................................................
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PTRAJ: Successfully read in 50000 sets and processed 50000 sets.
       Dumping accumulated results (if any)

PTRAJ RMS: dumping RMSd vs time data