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# Sample amber2accent input file
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# The amber prmtop and trajectory file
#
PRMTOP  prmtop
#
CRD     mdcrd
#
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# This determines if ptraj will be used to calculate BAT values
# PTRAJ_EXEC should be the path/name of your ptraj executable
# (default 'ptraj')
#
USE_PTRAJ       1
#
#PTRAJ_EXEC      
#
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# Select which residues make up the solute
# acceptable entries have the form of comma separated
# numbers or number ranges (e.g. 5,7-12,18)
#
RESIDUES        1
#
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# The root atoms to construct the connectivity tree, put AUTO
# instead of three numbers to try automatic root atom selection
# If handselected, the root atoms must be connected, root1 must be 
# terminal and root2 must be connected only to root and terminal 
# atoms
#
ROOT_ATOMS       AUTO
#ROOT_ATOMS     2       1       4
#
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# If your solute contains two separate molecules, a pseudobond must
# be defined between them. The first atom given must be from the
# molecule containing the root atoms
#
#PSEUDO_BOND    15      16
#
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